醫藥企業質檢實驗室通常應與生產區相對獨立，功能設計前應根據檢驗方法及實驗流程來確定儀器的種類、數量、規格型號、外形尺寸、電壓功率等參數以及擺放位置，平面布局設計的同時需要考慮儀器電源、給排水、供氣、純凈水以及排風管道接口的設計。根據儀器數量及放置位置確定各區域所需面積，同時兼顧干濕分開便于防潮，冷熱分開便于節能，恒溫集中便于管理，天平集中便于稱量取樣等原則，適當分割，以有效利用空間，并滿足各項實驗的需要。

通常，醫藥企業質檢實驗室可分為以下功能區：

1、實驗功能區：標定室、理化實驗室或樣品前處理室、天平室、儀器室（液相、氣相、紅外、水分測定、原子吸收等）、微生物實驗室（無菌、陽性、微生物限度、準備間、培養室等）。

2、存放功能區：標準品、留樣、穩定性考察、實驗耗材、受管制物品存放、廢液廢固暫存等。

3、輔助功能區：器具清洗、更衣、辦公、檔案等。

4、公用工程配套區：空調機房、配電間、弱電間、氣瓶間、制水間等。

由于各實驗操作的特殊性，每類實驗操作應考慮適宜的要求。例如：理化實驗室是占地面積相對較大，考慮到實驗室之間的相互關系及操作流程應與天平室、儀器室等鄰近；對于天平室、紅外光譜儀、原子吸收光譜儀等高靈敏度儀器易受外界因素的干擾，建議設置單獨實驗室；高效液相色譜儀，氣相色譜儀、液質聯用儀、原子吸收等精密儀器，對環境要求較高，通常要求房間保持在合適的溫濕度范圍內，能夠避免光線直接強烈照射等。